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宇佐市山本
虚空蔵寺跡は、奈良時代前期に創建された古代寺院跡です。塔跡には柱を置いた礎石【そせき】が残されていて、三重塔が建っていたと想定されています。また、出土した瓦などから当時の奈良の都との関係が注目されています。
速見郡日出町日出二ノ丸2594
日出藩は、江戸時代の終わり頃に、藩校「致道館」を建てました。藩校の建物と校門が残されています。江戸時代の藩校の建物としては大分県内で唯一残っている建物です。
竹田市荻町柏原
大野川上流の竹田市陽目にある「陽目の里キャンプ場」の上流を中心に、渓流の岩に付着して生育します。全国的にも珍しく、国の絶滅危惧種に指定されています。
豊後大野市大野町安藤 矢形神社
大野町安藤地区にある矢形神社境内にはヒノキが植栽されていますが、イチイガシを代表とする林も残されています。地域の信仰対象として、また、高地にある常緑広葉樹林（落葉しない広葉樹からなる森林。日本では多く、シイ・カシ・タブノキ・クスノキを主体とする。）として貴重です。
佐伯市弥生大字江良 八坂神社
ハナガガシは、九州・四国の一部に産するブナ科の高木です。県下では佐伯市にあるこの「八坂神社のハナガガシ林」と国指定天然記念物「堅田郷八幡社のハナガガシ林【かたたごうはちまんしゃのはなががしりん】」の２つです。
速見郡日出町二ノ丸 日出町
日出中学校の敷地内に植えられている樹齢400年を超えるといわれるサザンカの木です。日出町の町花・町木に指定されています。
豊後大野市三重町内田 内田神社
内田神社の神木です。推定樹齢はおよそ800年ともいわれます。
佐伯市弥生大字江良 洞明寺
県南地方では最も古い寺とされている洞明寺の境内にある巨木です。ほぼ同時代に植えられたものと推測される同じ大きさのナギの木が佐伯市臼坪五所明神社、佐伯市本匠宿善寺にあり、いずれも県指定天然記念物となっています。
竹田市直入町長湯
市道に隣接する宅地内に生育している古木です。古木のため、葉にはヒイラギの特徴であるノコギリのようなギザギザのないものが多いです。地上2.5ｍくらいのところから多数の枝が分れて、美しい姿を見せています。「長湯のヒイラギ」よばれ地域の人々から大事にされています。樹齢は約450年といわれています。
佐伯市宇目大字南田原 鷹鳥屋神社
鷹鳥屋山（639m）の山頂部に残された自然林で鷹鳥屋神社の境内林で、ウラジロガシ、モミ、イスノキ、スダジイなどの大木をふくむアカガシを主とする自然林です。
佐伯市鶴見大字大島 加茂神社
大島の加茂神社【かもじんじゃ】の境内林です。拝殿前に１本、背後の境内林に８本あり、アコウの樹林をつくっています。アコウがこのようにまとまり、林をつくることはめずらしく貴重です。
竹田市神原川上流
サケ目サケ科サケ属に分類される淡水魚です。 アマゴやヤマメに似ていますが、イワメにはアマゴなどの体にみられる横に並んだ黒い円〜たて長だ円状の模様である幼魚斑【ようぎょはん】（パーマーク）や黒点等がありません。イワメは突然変異により生じたアマゴの模様がない無斑型【むはんがた】だと考えられています。
竹田市神原
古い時代に植栽されたトチの巨木で神社の神木です。
佐伯市大字長谷 城八幡社
城八幡社の社叢【しゃそう】（神社の森）です。社叢は周囲1.5km、標高57mの小高い山で、自然林が残っているのは南と西斜面の約1.8ヘクタールです。
佐伯市本匠大字井ノ上 宿善寺
宿善寺の境内にそびえる巨木です。ほぼ同時代に植えられたものと推測される同じ大きさのナギの木が佐伯市臼坪五所明神社、佐伯市弥生洞明寺にあり、いずれも県指定天然記念物となっています。
佐伯市大字狩生
国指定天然記念物「狩生鍾乳洞」内に生存する動物をまとめて指定したものです。この鍾乳洞で最初に発見され、狩生の名の付いたカ リウオ二アリズカムシ・カリウクサグモなどもいます。
豊後大野市三重町中都留
三重町中津留区鹿毛【ししげ】の愛宕社【あたごしゃ】を囲むように生い茂る社叢【しゃそう】（神社の森）で、今から5億4100万年前〜4億8500万年前のチャートや石灰岩などの古生代といわれる時代の地層の上に形成されたスダジイを主体とした貴重な自然林です。
宇佐市安心院町山蔵
樹齢1000年を超える古木です。宇佐神宮の社叢【しゃそう】はイチイガシの林が原生林に近い状態で残っている場所ですが、この地域も同じようなイチイガシの林におおわれていたと考えられます。
