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豊後大野市三重町大白谷
三重町白谷区白山神社奥の穴権現社は、黒岳の急斜面にあり、周囲は自然林におおわれています。石灰岩地である社叢にはアラカシが多く生えています。アラカシはカシ類の中で土がないような岩場や石灰岩地でも生育にたえる樹種です。
佐伯市上浦大字浅海井浦
暁嵐の滝は全国的にもまれな海岸からわずか500ｍ足らずの所に位置しています。滝の周辺の岸壁【がんぺき】には、海岸の崖【がけ】に特有の岩上植物が群生を作っています。
竹田市次倉 宮砥八幡社
社殿を取り巻くようにイチイガシをはじめ、神木のヒノキ、ケヤキ、クジャクヒバなどの多くの大樹がならび立っています。
竹田市久住町仏原 宮処野神社
参道や境内に多くの植えられたスギの大樹とともに、ケヤキ、トチノキ、タブノキなどの古木が生い茂っています。様々な種類の巨木がみられる鎮守の森として貴重です。
竹田市直入町長湯
橘木地区の墓地に生育するシンパクの巨木です。 ヒノキ科の植物で自生のものはビャクシン（イブキ）と呼ばれます。園芸品種が多く、シンパクはその一つです。
佐伯市米水津大字宮野浦・蒲江大字畑野浦
沖黒島は、米水津と蒲江の境界線上に位置する周囲1.6kmの無人島で切り立った断崖に囲まれています。暖かい地域の植物であるビロウ、ハカマカズラ、サダソウが自生しています。
中津市耶馬溪町大字津民
福岡県・佐賀県の北方の海である玄界灘【げんかいなだ】に面した地域に多いので、この名がつきました。ツツジの仲間の中では咲く時期が早く、３〜４月に葉が出る前にやや赤みのある紫色の花を咲かせます。県内を代表するゲンカイツツジの自生地です。
中津市耶馬溪町
直径は約5㎝、おしべが10本あるのが特徴【とくちょう】で、その名の通り川ぎしなどによく見られます。５月上旬から５月中旬にかけてやや赤みのある紫色の花を咲かせます。耶馬渓のキシツツジは日本でもっとも南に自生している場所です。
竹田市直入町長湯 籾山八幡社
社殿の東西及び北西向きの傾斜地【けいしゃち】に、クヌギのように落葉しない、常緑樹【じょうりょくじゅ】であるブナ科のコジイ、スダジイが群生しています。原生林に近い状態を見ることができる場所としても貴重です。
国東町鴨川 桜八幡神
檜原山【ひばるさん】中腹の傾斜地にそびえる巨木です。20株程度に株が分かれたカツラの大樹です。このカツラは、檜原山で修行した行者が、大和（今の奈良県）の山から持ってきて植えたものといわれています。
大分市高島
ビロウはヤシ科の常緑高木で、樹木のすがたや葉の形などはシュロによく似ていますが、シュロよりははるかに大きく、高さも20m近くになります。九州西海岸では、福岡県の沖ノ島、また東海岸では、鹿児島・宮崎両県の海岸や島及び本県の沖黒島、竹野浦と高島に分布しています。
ウミネコは、例年例年２月末〜３月にかけて高島に飛来します。 毎年同じ場所に巣をつくります。２〜３個の卵を産み、６月上旬にふ化し、８月上旬には島からはなれて飛たちます。現在、4000〜4500羽の成鳥が確認されています。
豊後高田市田染蕗
富貴寺境内は、平安時代後期に建立された富貴寺大堂【ふきじおおどう】（国宝）を中心とした寺院です。六郷山寺院の構造や平安時代以降の浄土信仰【じょうどしんこう】を考える上で貴重な遺跡です。
日田市小迫
弥生時代から古墳時代にかけての遺跡で、環濠集落【かんごうしゅうらく】と豪族居館跡【ごうぞくきょかんあと】がみつかりました。豪族居館跡は、方形の壕【ほり】に囲まれていて、その内部から建物跡がみつかっています。
国東市国東町安国寺
弥生時代の集落【しゅうらく】（ムラ）の跡です。集落の中にある溝から大量の木で作った道具や建物の材料が見つかり注目を集めました。
中津市
福沢諭吉は、『学問のすゝめ（すすめ）』などの著作で有名な明治地代の思想家です。中津で過ごした時の茅葺き【かやぶき】屋根の家や瓦葺き【かわらぶき】の土蔵が残されています。
佐伯市若宮町
弥生時代の貝塚と集落跡で、貝やイノシシ・シカなどの獣骨、稲作に使用する石庖丁【いしぼうちょう】などが出土しています。海や山の幸、稲作や農耕によって生活を維持した海辺の民の生活がわかる貴重な遺跡です。
